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一是从控权转向规制。在传统的公法研究中，基于限制过强的公权力和保护私权的角度，学界大都对于行政权力持控制的态度。对于《与贸易有关的知识产权协议》（TRIPs协议）序言中知识产权是私权的论断，也很容易接受。但是随着全球化的深入与经济社会的发展，以及国家治理的复杂性等原因，要求行政部门发挥更大的作用。而经济领域实体的壮大，也在部分领域带来了垄断、强制与市场扭曲的后果。从TRIPs协议制定的背景来看，跨国公司是其中重要的推手，所提出的私权论固然有西方保护权利的法律传统的因素，但更重要的是，经济力量在全球实现了自由流动、自由贸易和自由投资，只是由于民族、国家的界限，各国对于知识产权保护的条件、要求与程序各不相同，在一定程度上影响了经济实体的获益。所以，TRIPs协议序言的私权论，说明了国家对于经济领域规制的必要性。在这一背景之下，美国公法在上世纪80年代针对市场失灵和市场主体行为存在强制的问题提出了规制理论，整体上还是认可契约自由与私人权利，仅在特定领域中加以限制，通过政府规制加以纠正，达到市场与政府的有效平衡。
专利行政执法以其时间快捷、程序便利和成本低廉的优势，赢得了较高的社会满意度，但与市场主体的需求尚有一定的差距。因此，相关部门应根据企业和权利人的要求予以加强，同时要在平衡政府与市场、防止政府和市场双重失灵的前提下适度扩大供给、满足各界的创业创新需求，以规制促保护、以保护促创新、以创新促发展。
二是从维护私权转向维护公共利益。受TRIPs协议序言私权论的影响，专利行政执法以保护权利为己任，但在实践中可能出现权力寻租或者偏袒一方的嫌疑，这也是专利行政执法一旦加强就会引发争议的原因。实际上，当承认政府规制市场的必要，行政执法或者行政管理涉及的是对多个权利或者不同利益加以协调和整合，总体目标不是着眼于单个权利或者权利束提供救济，而是要进行有效的市场监督，维护正常的市场秩序，管理和减少经济风险，营造创业创新的环境，从而维护公共利益，提升行政管理效能。
笔者认为，要完成这一使命，一是要规则明确，二是要程序公开。《专利侵权行为认定指南》的出台，对于实施专利的行为、不侵犯专利权的行为认定等起到了很好的规则指引的效果，为社会各界提供了稳定的行为预期；《专利行政执法证据规则》和《专利纠纷行政调解指引》则根据专利的特点，在专利行政执法程序上进行了规范，确保了程序正义的实现，同样具有积极的意义。
三是从二元结构转向三元架构。构建专利行政执法与司法保护两条途径“优势互补、有机衔接”的保护机制，是从国情出发，行之有效且具有中国特色的知识产权保护模式。之所以在学界有不同看法，其出发点往往是建立在两者对立的基础上，夸大两者之间的差异，导致良好的互动、相互的配合难以获得公共领域理性的研讨与解决方案的达成。从专利行政执法可能出现的问题来看，一是执法依据的立法缺位，例如加强专利行政执法缺乏专利法的明确授权；二是执法在实施中可能出现例如执法队伍不足、信息不对称等问题；三是与司法保护的衔接不畅，例如专利侵权诉讼与专利无效程序的对接尚未理顺等。
从这些问题来看，并不是两者之间产生了问题，笔者认为，从大的方面来看，专利行政执法和司法保护都是执法保护，行政执法中出现的很多问题同样也会在司法保护中再现，因此，应在立法层面予以通盘考虑，加强顶层设计，理清法律法规制修订、行政执法与司法保护的三元架构，实现三者之间的良性互动，这样才能实现资源的有效配置和高效配置，共同构建知识产权大保护格局，有效维护权利人合法权益，有效激励创新的广泛深入开展，为经济社会发展提供良好的保障。
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