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虽然司法保护在知识产权保护中的重要作用越来越得到共识，但我国知识产权司法保护中存在的很多问题仍然没有得到有效解决。“比如知识产权诉讼裁判标准的不统一，比如知识产权侵权损害赔偿难，再比如知识产权侵权案件举证难。”陶凯元说，当前管辖知识产权侵权诉讼的人民法院分布广、数量多，但却没有统一的裁判标准，导致审判效率相当低。而从审判实践看，由于实际损失难以查明而出现的法定赔偿适用泛化倾向，也使得大量判决以法定赔偿方式替代实际损失查明，客观上制约了侵权损害赔偿力度。
“还有知识产权侵权案件举证难的问题。由于知识产权本身的无形性导致权利价值和收益难以评估，再加上当前社会商业道德和诚信体系不健全，企业财务账簿和评估结果难以采信，导致专利权人维权过程普遍举证困难。”
陶凯元认为，知识产权审判工作事关创新驱动发展战略实施，事关国家发展大局，地位重要，责任重大。全国人大常委会应该研究设立国家层面的知识产权高级法院，作为全国涉及专利、商标等知识产权案件的上诉管辖法院，有效统一知识产权诉讼裁判标准，提高审判效率。
“同时，全国人大常委会还应修改制定相关法律，借鉴国外经验，在立法层面建立知识产权诉讼证据开示制度。设置完整的程序和规则，赋予当事人披露相关事实和证据的义务，明确法律责任，确保最大限度查明案件事实。”陶凯元建议人民法院在现有法律框架下，充分适用举证妨碍制度，正确合理分配举证责任。充分发挥证据保全、调取证据制度的作用，切实减轻当事人的举证负担。
陶凯元还提出了完善知识产权侵权损害赔偿制度的建议。她说，全国人大常委会应以修改专利法、著作权法和不正当竞争法为契机，参照商标法规定，增加惩罚性赔偿制度，针对故意侵权、重复侵权现象设定一定倍数的惩罚性赔偿，增强制裁效果。“强化侵权行为人的文书提出义务，规定人民法院为确定赔偿数额，在权利人已经尽力举证，而与侵权行为相关的账簿、资料主要由侵权人掌握的情况下，可以责令侵权人提供与侵权行为相关的账簿、资料；侵权人不提供或者提供虚假的账簿、资料的，人民法院可以参考权利人的主张和提供的证据判定赔偿数额。”
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